Ciente da importância do trabalho desenvolvido por diversas organizações e instituições de investigação na implementação de medidas concretas e locais para a proteção de espécies e habitats, o Zoomarine estabelece parcerias e presta apoio a algumas destas entidades, assegurando a continuidade e eficácia desses projetos de conservação.
Tais apoios acontecem em projetos diretamente dinamizados pelo Zoomarine, como é o caso do trabalho realizado pelo Porto d’Abrigo, o Centro de Reabilitação de Animais Marinhos do parque , como em projetos colaborativos com outras instituições zoológicas e/ou organizações que acontecem ex-situ – envolvem a proteção das espécies fora do seu habitat natural – ou in-situ – envolvem a proteção das espécies no seu habitat selvagem, incluindo uma abordagem de proteção do ecossistema na zona de distribuição geográfica natural da espécie.
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